ولد الشهيد عام 1338 هـ في قرية من قرى خراسان الإيرانية، فتربى في حجر أبيه العالم الورع الشيخ محمد حسين المطهري، متميزاً عن أقرانه بحبّه للطهارة والتقوى ورغبته إلى العلم والمعرفة. فبدأ دراسته في الكتّاب ثم نزل بمشهد المقدسة متلقّياً مقدمات العلوم الدينية من المنطق والفلسفة والأدب العربي وغيرها من أعلامها ثم حل رحله بقم عام ١٣٥٧ هـ في السابعة عشرة من عمره متلهفاً إلى كسب المعارف الإسلامية فنزل بها وهي تقاسي ظلم النظام البهلوي واضطهاده لعلماء الدين.

فحضر أبحاث الفقه والأصول للأعلام الثلاثة الآيات: الصدر والسيد المحقق والسيد محمد حجت، وكذلك زعيم الحوزة السيد البروجردي، كما حضر دروس الفلسفة للعلامة الطباطبائي وأفاد منه كثيراً، إلا أنه وجد ضالته المنشودة في درس الإمام الخميني حيث كان للدروس الأخلاقية والفلسفية التي تلقاها من تلك الشخصية الفذّة طيلة 12 عاماً الأثر العظيم في تكوين شخصيته الفكرية والنفسية.

وهكذا أصبح المطهري أستاذاً مرموقاً في قم المقدسة يلقي دروساً في الفلسفة والفقه والأصول وغيرها وقدّم عطاء زاخراً من المؤلفات التي عالجت شتى القضايا الاجتماعية والثقافية والسياسية والفلسفية إذ يعتبر هو المنظّر الكبير لقضايا الثورة الإسلامية. وهو مع ذلك كان ناشطاً اجتماعياً وناقداً سياسياً ومناضلاً مجاهداً لا يترك فرصة تسنح له إلا وينتهزها للهداية والإرشاد والتثقيف الاجتماعي والثوري. ألقي القبض عليه بسبب نشاطه السياسي ثم أطلق سراحه … وهكذا واصل الدرب الجهادي والعلمي معاً حتى انتصار الثورة الإسلامية في إيران بقيادة الإمام الخميني فبقي إلى جانبه يتعاون معه في شتى المجالات.

وشاء الله تعالى أن يختم له بالسعادة العظمى وهي الشهادة في سبيل إعلاء كلمته وذلك في الرابع من جمادى الثانية عام 1399 هـ.